По большей части, садовые вредители и патогенные микроорганизмы обходят чесночные посадки стороной, так как для многих их них фитонциды растения убийственны. Этим свойством чеснока активно пользуются в органическом земледелии для защиты овощных и ягодных культур от нашествия опасных насекомых и возникновения болезней растений. Например, высаженный в междурядьях клубники чеснок эффективно предохраняет посадки от клубничного клеща и долгоносика.
Помимо этого, инсектицидные свойства чеснока применяют для приготовления составов, предназначенных для обработки овощных культур. Можно использовать растение, приготовив из него масло, которое потом останется только развести в воде. На стакан растительного масла потребуется 12 крупных зубчиков чеснока, которые требуется предварительно очистить и измельчить.
Стеблевая нематода сегодня в мире считается наиболее опасным вредителем лука и чеснока. Проведённые в российском Черноземье исследования показали, что заражённость чеснока этим насекомым достигает 37%, а лука 3-28%. При интенсивном возделывании этих культур заражение может достигать 42 и 57% соответственно. На сильно заражённых полях в таких хозяйствах практически весь чеснок и лук при внимательном обследовании оказывается поражённым нематодой, а в отдельные годы она способна уничтожить весь урожай. Особенно этому способствуют тяжёлые глинистые почвы с недостаточной аэрируемостью.